Hingga pukul 10:30 Wita, jumlah pendaftar SPMB SMAN 3 Nunukan berjumlah 123 dengan rincian, 8 orang mendaftar jalur prestasi, 33 orang jalur afirmasi bagi keluarga tidak mampu dan 82 orang jalur domisili, sedangkan jalur mutasi nol.
Bertambahnya jumlah Rombel penerima murid baru di tahun 2025 mengisyaratkan bahwa SMAN 3 Nunukan mulai dilirik oleh orang tua dan murid. Sekolah juga menjanjikan tahun depan memiliki gedung sendiri.
“Tahun 2025 dimulai pekerjaan pembukaan lahan pembangunan gedung sekolah. Untuk lokasi sekolahnya di Jalan Sei Bilal, Kelurahan Nunukan Barat,” bebernya.
Berdirinya SMAN 3 Nunukan merupakan jawaban dari Pemerintah Provinsi Kaltara dan Kabupaten Nunukan, dalam mengatasi keluhan orang tua yang selama ini kesulitan mendaftarkan anak-anaknya di SMAN 1 dan SMAN 2 Nunukan
